Напарницей Малдер становится агент Дана Скалли. Врач по образованию, она приветствует научный подход и объясняет случаи сверхъестественного с точки зрения науки. Из-за огромной разницы в мировоззрении напарникам не сразу удается сработаться, но с каждым новым делом они становятся все ближе. Постепенно Скалли отступает от строгого научного подхода и допускает, что нечто внеземное все-таки существует.
В сериале «Секретные материалы» герои подозревают правительство в связи с инопланетянами. Существует некий Синдикат, члены которого связаны с НЛО и хотят захватить власть над людьми. Малдер не доверяет правительству и хочет разоблачить Синдикат, в который входит главный антагонист шоу по прозвищу Курильщик. Борьба агентов с этим персонажей стала одной из сюжетных линий.
На протяжении всего сериала развивают взаимоотношения между главными героями. Благодаря озвучке «TV3» диалоги Скалли и Малдера звучат естественно, мысли и эмоции агентов легко понять. Противостояние переходит в дружбу, а со временем между ними возникает симпатия. Личные отношения не мешают героям оставаться напарниками в работе и расследовать сложные, странные и опасные преступления.
В сериале «Секретные материалы» есть своя мифология и уникальный стиль, а также узнаваемая музыка. По мере продолжения шоу в нем появляются новые герои, но в центре внимания остается тандем Малдера и Скалли. Поклонники делят проект на два блока. Первые семь сезонов, в котором снялись Дэвид Духовны и Джиллиан Андерсон, стал первым блоком. В нем завершились основные линии сюжета, начатые в первых эпизодах. А восьмой и девятый сезон, где персонажа Духовны заменил новый агент ФБР, стал вторым блоком с новыми сюжетными линиями. Персонаж Джиллиан Андерсон в этом блоке остался на своем месте.